Muzeum gromadzi pamiątki i materiały dokumentujące życie i twórczość pisarza, ze szczególnym uwzględnieniem jego związków z Nałęczowem i rodzinną Ziemią Lubelską.
W swoich zbiorach Muzeum B. Prusa posiada przeważającą część zachowanej korespondencji Prusa m.in. do: żony - Oktawii Głowackiej z Trembińskich (77 listów z lat 1872-1911), Aliny Sacewiczowej (59 listów z lat 1898-1911), Antoniego Osuchowskiego (48 listów z lat 1898-1912) oraz autografy notatek twórczych, artykułów i konspektów, pierwodruki, egzemplarze korektowe dzieł oraz liczne ich przekłady na języki obce. Cennymi eksponatami są również fotografie pisarza, jego bliskich oraz zdjęcia wykonane przez Bolesława Prusa w 1904 r. w Nałęczowie, barwne ilustracje Edwarda Okunia do powieści „Faraon”, projekt okładki Stanisława Witkiewicza do pierwszych opowiadań oraz liczne nałęczowiana, ilustrujące związki Prusa z uzdrowiskiem - tradycje literackie i kulturalne miejscowości.