Historia Muzeum Lubelskiego sięga początków XX w. i jest związana z osobą Hieronima Łopacińskiego, nauczyciela gimnazjalnego i członka-korespondenta Akademii Umiejętności, z zainteresowań historyka, etnografa, bibliofila i miłośnika starożytności. Dzięki jego staraniom w 1901 r. zorganizowano w Lublinie dwie wystawy. Wystawę przedmiotów sztuki i starożytności otwarto 4 czerwca w gmachu podominikańskim. Zebrano około 4000 eksponatów – rycin, obrazów, rzeźb, wyrobów rzemiosła artystycznego, dokumentów, druków, rękopisów, zabytków archeologicznych, cechowych, broni, monet, medali, pieczęci, map. Na wystawie przemysłowo-rolniczej, otwartej 22 czerwca, znajdował się dział ludoznawczy, gdzie zaprezentowano stroje ludowe, wyroby z drewna, plastykę obrzędową.
W kolejnych latach przybywało eksponatów. Instytucje lubelskie i prywatni darczyńcy ofiarowali do zbiorów zabytki archeologiczne, numizmaty, przedmioty sztuki ludowej, kolekcje ornitologiczne i entomologiczne, zbiory roślin, okazy geologiczne i paleontologiczne. W 1914 r. powołano Towarzystwo pod nazwą „Muzeum Lubelskie”, którego głównym celem statutowym stała się opieka nad muzeum, gromadzenie zbiorów, ich naukowe opracowanie i udostępnianie publiczności, a także popularyzowanie nauki i sztuki. Głównym organizatorem był Szymon Tadeusz Piotrowski.
W 1914 r. zakupiono za sumę 53000 rubli posesję przy ul. Namiestnikowskiej z gmachami popijarskimi (obecnie ul. Narutowicza 4).
Pierwsza wojna światowa nie przerwała prac przy organizacji muzeum. Wyremontowano budynki, porządkowano zbiory, a natychmiast po zakończeniu wojny, w 1918 r. przystąpiono do przygotowania nowej ekspozycji. W 1921 r. Muzeum Lubelskie przejęło zbiory Wacława Lasockiego z dawnego „Muzeum Ziem Położonych między Wisłą a Bugiem” w Nałęczowie, a w następnym roku Towarzystwo zdecydowało się zatrudnić kustosza zbiorów, Mariana Trzebińskiego, artystę malarza z Warszawy.
Uroczyste otwarcie Muzeum w nowej siedzibie nastąpiło 18 lutego 1923 r. Na parterze znajdowało się lapidarium, zabytki archeologiczne, pamiątki związane z historią Lubelszczyzny, numizmaty, broń, świeczniki, lichtarze, kolekcja XIX-wiecznych fajek, zabytki z terenu Lublina, pamiątki powstań 1831 i 1863 r., wojny światowej oraz obrazy batalistyczne. Na pierwszym piętrze umieszczono galerię dawnego malarstwa polskiego i obcego, zbiór sztychów angielskich, meble, porcelanę, medale oraz malarstwo współczesne.
W latach 1929-1939 zorganizowano wystawę etnograficzną i geologiczną, a także bibliotekę i czytelnię, wprowadzono kartkowy katalog zbiorów, sporządzono inwentarze poszczególnych kategorii zabytków – mebli, map i planów, pamiątek historycznych, ceramiki polskiej i obcej, grafiki, numizmatyki, broni i mundurów, obrazów i rzeźb, etnografii, zoologii, botaniki, geologii, etnografii obcej, fotografii, rysunków, a także skatalogowano księgozbiór. Tuż przed II wojną światową spisano zbiory Muzeum w księgach inwentarzowych, obejmujących działy: archeologii, etnografii, sztuki, historii i przyrody. Muzeum Lubelskie posiadało wówczas około 14000 eksponatów.
W 1934 r. opracowano statut Muzeum Lubelskiego. Dokument podkreślał regionalny charakter zbiorów. Powołano także Radę Muzealną, sprawującą opiekę nad muzeum.
Bombardowanie Lublina 9 września 1939 r. przyniosło Muzeum ogromne zniszczenia. Część gmachu legła w gruzach, przepadła cenna kolekcja ptaków i inne zbiory przyrodnicze, dokumenty i metryki muzealne. Już pod koniec września okupacyjne władze niemieckie zabrały klucze do sal muzealnych i magazynów, a w Muzeum pojawili się Erwin Rychter i Karl J. Ludwig, który został stałym „opiekunem” zbiorów. Od tej chwili rozpoczęło się systematyczne uszczuplanie zasobów Muzeum Lubelskiego oraz kolekcji zdeponowanych w nim przed i na początku wojny. Urzędnicy niemieccy wynosili z sal wystawowych i magazynów co cenniejsze eksponaty – obrazy, rzeźby, meble, porcelanę, szkło, zegary, numizmaty. Zniknęło 18 skrzyń, w których przechowywano depozyty.
W 1940 r. w gmachu Muzeum Niemcy zorganizowali magazyn muzealny, gdzie gromadzono resztki lubelskich zbiorów oraz zrabowane zabytki zwiezione z całej wschodniej Polski.
28 lipca 1944 r. Polski Komitet Wyzwolenia Narodowego mianował dyrektorem Muzeum Wiktora Ziółkowskiego. Pod jego kierownictwem pracownicy przystąpili do inwentaryzacji ocalałych zbiorów i rejestracji strat. Pierwszą wystawę – etnograficzną – zorganizowano dopiero w październiku 1946 r., zaś uroczyste otwarcie stałych ekspozycji w gmachu przy ul. Narutowicza 4 nastąpiło 30 października 1949 r.
1 stycznia 1950 r. Muzeum Lubelskie upaństwowiono, a rok później zmieniono jego dawną nazwę na „Muzeum Okręgowe”. Stopniowo przybywało eksponatów zakupionych i podarowanych do zbiorów. Tuż przed upaństwowieniem Muzeum zatrudniało 8 pracowników, a zbiory liczyły 5219 obiektów.
W 1954 r. Muzeum przeprowadziło się do nowej siedziby w Zamku Lubelskim, tracąc jednocześnie nieruchomość przy ul. Narutowicza. Początkowo dzieliło zamkowe pomieszczenia z Wojewódzkim Domem Kultury, by po 20 latach stać się jedynym gospodarzem Zamku.
Pierwsze wystawy czasowe zorganizowano już w 1955 r., w południowym skrzydle cztery wystawy stałe: „Lubelszczyzna na tle historii powszechnej i starożytnej Polski”, „Galeria malarstwa polskiego XV-XX w.”, „Sztuka ludowa Lubelszczyzny” i „Rzemiosło i przemysł artystyczny XVII-XIX w.”. Pozyskano cenne depozyty z magazynów Muzeum Narodowego w Warszawie (m.in. obraz Jana Matejki „Unia Lubelska”), zakupiono wiele dzieł ze środków państwowych, gromadzono zabytki archeologiczne i etnograficzne, pozyskane podczas własnych badań terenowych. W 1959 r. utworzono pracownię konserwacji zabytków oraz służby naukowo-oświatowe, które pełniły funkcje przewodnickie oraz prowadziły edukację kulturalną, adresowaną do mieszkańców miasta i regionu.
W 1951 r. powołano Dział Archeologii, gromadzący zbiory niemal od podstaw, drogą badań terenowych. W 1958 r. ze zbiorów sztuki wydzielono monety, medale oraz banknoty i utworzono Gabinet Numizmatyczny. W 1975 r. z Działu Sztuki wyodrębniono dzieła na podłożu papierowym oraz militaria tworząc Gabinet Rycin i Dział Militariów.
W 1961 r. powołano Dział Historyczny, który wkrótce przekształcił się w pierwszy oddział Muzeum Okręgowego z siedzibą w zaadaptowanej na cele muzealne Bramie Krakowskiej; od 1979 roku nosi nazwę Oddział Historii Miasta Lublina. W 1968 r. powstał drugi oddział na terenie Lublina – Oddział Literacki im. Józefa Czechowicza. Początkowo mieścił się w budynku dawnego klasztoru przy ul. Narutowicza 10, obecnie jego siedzibą jest kamienica przy ul. Złotej 3. W 1979 r. z inicjatywy środowiska byłych więźniów politycznych Zamku z lat 1939-1944 powołany został Oddział Martyrologii, który znalazł siedzibę w dawnym budynku aresztu śledczego gestapo „Pod Zegarem”. Od połowy lat 80. pracownicy oddziału prowadzili też nieoficjalne badania dotyczące więzienia śledczego NKWD i UB w latach 1944-1954. W 1980 r. otwarto Oddział Dworek Wincentego Pola przy ul. Kalinowszczyzna 13. Siedzibą oddziału jest zabytkowy XVIII-wieczny dworek, należący niegdyś do rodziny Polów.
W strukturze Muzeum znajduje się również pięć oddziałów zamiejscowych. Muzeum Stefana Żeromskiego w Nałęczowie, utworzone w 1928 r., mieści się w chacie Żeromskiego, zbudowanej w 1905 r. w stylu zakopiańskim przez Jana Koszczyc-Witkiewicza i pełniącej funkcję pracowni pisarza. Opiekuje się pamiątkami po Żeromskim, dokumentując ślady jego działalności społeczno-kulturalnej w Nałęczowie. Podobną funkcję pełni Muzeum Bolesława Prusa powstałe w 1961 r. i mieszczące się w zabytkowych wnętrzach pałacu Małachowskich.
W 1966 r. powołano dwa muzea regionalne – w Łęcznej i Lubartowie. Pierwsze z nich, zajmujące zabytkową XVII-wieczną synagogę, początkowo zaplanowane jako Muzeum Lubelskiego Zagłębia Węglowego, szybko przybrało charakter interdyscyplinarny, gromadząc pamiątki historyczne, archeologiczne, etnograficzne oraz przyrodnicze, związane z dziejami Łęcznej i jej wielokulturową tradycją. Muzeum Regionalne w Lubartowie mieści się w XIX-wiecznym dworku i dokumentuje historię, sztukę ludową oraz tradycje Lubartowa i Ziemi Lubartowskiej, zbierając m.in. wyroby lubartowskiej fajansarni założonej w 1840 r. przez Łubieńskich.
Utworzone w 1977 r. Muzeum Regionalne w Kraśniku posiada bogate zbiory z dziedziny etnografii, archeologii oraz historii miasta i regionu. Jego filia pod nazwą Muzeum 24. Pułku Ułanów jest jedynym w Polsce muzeum poświęconym w całości historii, organizacji, uzbrojeniu, umundurowaniu i udziałowi w kampaniach wojennych pułku polskiej kawalerii. Słynny 24 Pułk Ułanów w okresie międzywojennym stacjonował w Kraśniku, walczył w kampanii wrześniowej, w obronie Francji w 1940 r., następnie na froncie zachodnim w latach 1944-1945 w składzie 10 Brygady, a później 1 Dywizji Pancernej dowodzonej przez gen. Stanisława Maczka.
W 1974 r. na potrzeby Muzeum Okręgowego w Lublinie przekazano wszystkie pomieszczenia Zamku. Otwarto wówczas stałe wystawy malarstwa, sztuki zdobniczej, uzbrojenia, archeologiczną, etnograficzną i numizmatyczną. Od lat 80. XX w. Muzeum intensywnie rozwija działalność wystawienniczą, badawczą i edukacyjną; wydaje publikacje naukowe, unowocześnia ofertę kulturalną, współpracuje ze szkołami. W 1987 r. powróciło do dawnej nazwy – Muzeum Lubelskie, w 1998 r. zostało wpisane do Państwowego Rejestru Muzeów, w 2001 r. otrzymało honorowy tytuł Ambasadora Województwa Lubelskiego. Muzeum Lubelskie jest laureatem ponad 30 nagród i wyróżnień, w tym trzech pierwszych nagród Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego w konkursie na Wydarzenie Muzealne Roku.
Muzeum Narodowe w Lublinie zostało utworzone zarządzeniem Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z 15 maja 2020 r. Jego misją jest m.in. ochrona wartości historycznych i artystycznych kultury polskiej i światowej, w tym w szczególności dziedzictwa Ziem Wschodnich Dawnej Rzeczypospolitej. Obecnie realizowany jest drugi etap, mający na celu połączenie Muzeum Narodowego w Lublinie i Muzeum Lubelskiego w Lublinie. Na skutek połączenia, po upływie co najmniej trzech miesięcy od ogłoszenia tego zamiaru, zawarta zostanie odpowiednia umowa o utworzeniu nowej instytucji kultury pod nazwą Muzeum Narodowe w Lublinie, która będzie wspólnie prowadzona przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego i Województwo Lubelskie i wpisana do rejestru instytucji kultury MKiDN. Utworzenie Muzeum i nadanie mu statutu powinno nastąpić przed końcem 2020 r. Docelowo Muzeum Narodowe w Lublinie będzie państwową instytucją kultury, dla której jedynym organizatorem pozostanie Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego.
Muzeum Lubelskie zostało wyróżnione
honorowym tytułem
"Ambasadora Województwa Lubelskiego" w 2001 roku
za szczególne osiągnięcia w promocji Lubelszczyzny
w kraju i za granicą.