Sekcja Archeologii gromadzi zbiory, w tym w szczególności źródła niepisane, dokumentujące najdawniejsze dzieje i życie wspólnot ludzkich na obszarze między Wisłą a Bugiem, w cezurze czasowej od paleolitu do wczesnego średniowiecza. Prowadzi własne badania terenowe, organizowane przy współdziałaniu z Wojewódzkim Urzędem Ochrony Zabytków w Lublinie.