Księgozbiór gromadzono w Bibliotece od początku istnienia Muzeum. Pozyskiwano go poprzez zakupy (w okresie I wojny światowej nabyto cenne zbiory i bibliotekę po doktorze Stefanie Monasterskim), darowizny osób prywatnych (m.in. Wacława Lasockiego, Aleksandra Jaworowskiego) oraz krajowych towarzystw kulturalnych i społecznych.
W okresie międzywojwnnym Biblioteka istniała już jako odrębny dział w strukturze muzealnej obejmujący blisko 3 500 dzieł.
Po drugiej wojnie światowej, która spowodowała znaczne straty również w zasobach bibliotecznych, zaczęto ponownie gromadzić i w miarę możliwości uzupełniać księgozbiór liczący obecnie ok. 26 000 vol.